全國股份轉讓系統與滬深交易所的法律性質(zhì)和市場(chǎng)地位相同——同為全國性證券交易場(chǎng)所；監管體系相同——均由中國證監會(huì )統一監管。

全國股份轉讓系統與滬深交易所的區別主要體現在服務(wù)對象、制度規則設計等方面。

全國股份轉讓系統（新三板）主要服務(wù)于創(chuàng )新型、創(chuàng )業(yè)型、成長(cháng)型中小微企業(yè)，其掛牌企業(yè)與上市公司相比，“小而美”的特征十分明顯。

企業(yè)規模不大、處于成長(cháng)早期，但具有成熟的盈利模式，在一些細分行業(yè)占據領(lǐng)導地位，具有較好的成長(cháng)潛力和廣闊的發(fā)展前景。這類(lèi)企業(yè)由于具有“輕資產(chǎn)”等特點(diǎn)，難以從銀行類(lèi)機構獲得及時(shí)、充足的信貸資金支持，而滬深交易所較高的市場(chǎng)準入門(mén)檻，也讓此類(lèi)企業(yè)難以借力資本市場(chǎng)。

全國股份轉讓系統將此類(lèi)企業(yè)作為主要服務(wù)對象，使資本市場(chǎng)支持實(shí)體經(jīng)濟從以往的成長(cháng)后期和成熟期前移到創(chuàng )業(yè)前期和成長(cháng)初期。企業(yè)可以更早登陸資本市場(chǎng)，進(jìn)而帶動(dòng)社會(huì )資本

對創(chuàng )新體系的支持前移。因此，全國股份轉讓系統的出現，大大提升了資本市場(chǎng)容量，吸引各類(lèi)金融資源聚集，真正實(shí)現圍繞產(chǎn)業(yè)鏈部署創(chuàng )新鏈，圍繞創(chuàng )新鏈完善資金鏈的創(chuàng )新驅動(dòng)戰略要求。

為加大資本市場(chǎng)對中小微企業(yè)、自主創(chuàng )新型企業(yè)的支持力度，全國股份轉讓系統立足于企業(yè)特點(diǎn)和實(shí)際需求，制定了一系列有別于滬深交易所的掛牌準入、發(fā)行融資、交易結算、并購重組和投資者適當性等方面的制度規則。

如在掛牌準入方面，全國股份轉讓系統不設財務(wù)門(mén)檻，申請掛牌的股份公司可以尚未盈利，只要股權結構清晰、經(jīng)營(yíng)合法規范、公司治理健全、業(yè)務(wù)明確并履行信息披露義務(wù)并經(jīng)主辦券商推薦即可；在交易制度方面，針對中小微企業(yè)股本規模較小、股權分散度較低的現實(shí)特點(diǎn)，以及未來(lái)股本擴張、公允定價(jià)等需求，提供協(xié)議、做市和競價(jià)三種交易方式；為有效防范風(fēng)險外溢，放大市場(chǎng)創(chuàng )新空間，設立了較高的投資者適當性標準等。